CTI論壇（ctiforum）8月21日消息（記者 李文杰）: 日前，國家食藥總局批準(zhǔn)了兩款基因測序儀及檢測試劑盒，這是自政府出臺“二月禁令”后，首次批準(zhǔn)基因測序技術(shù)可以進行臨床應(yīng)用，政府政策的松綁引發(fā)了大批資本對該市場的覬覦。據(jù)統(tǒng)計，2013年中國對于測序儀及試劑的投入總額超過20億元，中國龐大的市場蛋糕早已引發(fā)基因測序廠商的高度重視。
近日，浪潮為國產(chǎn)基因測序儀廠商中科紫鑫設(shè)計構(gòu)建了高性能計算集群，用于提供面向全國的基因測序分析云服務(wù)。據(jù)悉該集群將可承擔(dān)20到40臺新一代國產(chǎn)自主基因測序儀在全國范圍試運行期間的所有測序分析服務(wù)。
人類基因是一種非常重要的戰(zhàn)略性資源，不能單從資本利益來衡量其價值。從20世紀(jì)90年代“人類基因組工程”計劃啟動之日起，美國、日本和歐洲等國家已經(jīng)意識到人類基因的戰(zhàn)略地位并搶先紛紛注冊基因?qū)＠哉l擁有最多的人類基因誰就能在未來基因診斷、基因醫(yī)療技術(shù)方面擁有絕對話語權(quán)。而對于13億人口大國的中國來說，擁有自主研發(fā)基因測序儀技術(shù)和產(chǎn)品將成為未來中國基因產(chǎn)業(yè)發(fā)展的必由之路。
中科紫鑫是紫鑫藥業(yè)和中科院北京基因組研究所在技術(shù)研發(fā)合作框架下成立的獨立公司，致力于研制開發(fā)我國自主基因測序技術(shù)，其研發(fā)的國產(chǎn)新一代基因測序儀是國內(nèi)目前唯一一個技術(shù)性能可以匹敵國際市場主流產(chǎn)品的國產(chǎn)基因測序系統(tǒng)，其測序長度（讀長）達到500-1000bp,為目前二代測序儀中最高水平。
基因測序技術(shù)應(yīng)用需要對海量、復(fù)雜、多變的數(shù)據(jù)進行分析計算，因此需要高性能計算機來進行基因數(shù)據(jù)的統(tǒng)計和分析。每個人有23對染色體，這些染色體中包含的DNA由ATCG不同堿基序列構(gòu)成，數(shù)量共計達30億。對人進行全基因組測序產(chǎn)生的海量數(shù)據(jù)，必須通過高性能計算機來進行處理分析才能得到對個體醫(yī)療診斷分析有益的結(jié)果。
據(jù)專業(yè)人士介紹，基因測序分析對高性能計算機的計算性能、內(nèi)存容量、數(shù)據(jù)帶寬等要求很高，同時還必須支持完善的基因測序分析工作流。浪潮為中科紫鑫設(shè)計構(gòu)建的高性能計算集群是專門針對基因測序應(yīng)用定制設(shè)計的專用機。專用機采用了刀片服務(wù)器、胖節(jié)點作為計算平臺，并行存儲系統(tǒng)用于提升數(shù)據(jù)帶寬，采用萬兆網(wǎng)絡(luò)提升通訊效率，并充分考慮了應(yīng)用特點定制開發(fā)了基因測序工作流軟件。
浪潮近年來一直在生命科學(xué)領(lǐng)域高性能計算進行持續(xù)的技術(shù)和應(yīng)用投入，目前在國內(nèi)外擁有眾多的生命科學(xué)典型案例。浪潮聯(lián)手中央電視臺拍攝了《走進科學(xué)》超算系列片，對高性能計算在基因方面的應(yīng)用進行了全面介紹。除高性能計算硬件系統(tǒng)設(shè)計供應(yīng)能力外，浪潮還擁有一支專業(yè)的應(yīng)用專家團隊，在對生命科學(xué)應(yīng)用支持以及對GPU、MIC等新型架構(gòu)移植優(yōu)化取得了顯著效果。浪潮與中科院聯(lián)合研發(fā)的基于MIC平臺的生命科學(xué)應(yīng)用軟件ATOM，在全球超算大會SC上作為世界5個MIC成果之一進行了展示。
